孔雀石绿已经例入农业部所颁发的禁止使用的水产药品之列。在此之前，欧美早以将孔雀石绿列入禁用药品之列。欧美禁用孔雀石绿之后对养殖业的影响和面临的问题，值得我们很好的借鉴。
随着大西洋鲑养殖技术的成熟，尽管世界主要养殖区的地理、气象和病害的因素不一样，但其整个养殖程序都已基本规范化。 在过去的几年里，在温度适合的条件下，大西洋鲑的网箱养殖已从海洋中扩展到湖泊中，用在淡水网箱养殖来取代部分淡水大西洋鲑养殖的陆基池养。这种陆基池养大多在苏格兰和智利，在挪威也有，是因为冬季湖泊水面冰封的原因。 另外，在疫苗方面有些不同，在苏格兰、挪威和爱尔兰使用疫苗来预防鱼类疥疮病（ furunculosis ），但在智利不使用，因为鱼类疥疮病在智利不普遍。
随着孔雀石绿在治疗淡水真菌方面病害上被欧盟禁止使用以后，近年来在病害防治上有了不同的发展。美国在许多年前就已禁止使用了孔雀石绿，美国使用了一些方法来预防淡水真菌类病害，比如，养殖者尽量减少在淡水中大规模养成，在孵化时使用海水或盐水，不使用亲鱼产卵时的表面水，对于淡水真菌类病害都有较好的效果。在欧洲完全从法律上禁止使用孔雀石绿之前，欧洲养殖者所生产的大西洋鲑鱼苗在鱼体上或多或少地都有永久性的绿色色素沉积。
孔雀石绿被禁止使用的原因是在研究中发现，在大计量的使用孔雀石绿后，对小鼠甚至人有致癌和致命的致奇作用。这种危险性可能很低，至少在证据上还不足，因为过去在孔雀石绿大量使用时，养殖者常年大量接触，并未发现有明显的影响。但在食品安全上很难鉴定其的危险性。因此，孔雀石绿被禁止使用。
然而，在孔雀石绿被禁止使用后，政府部门实施了严格地监管，其结果是在苏格兰和爱尔兰疫苗和网箱养殖已成熟和程序化的大西洋鲑养殖业中在操作中产生了些问题。在鲑鳟鱼产卵和卵时期使用疫苗，其皮肤很容易被侵蚀感染，其中一种是被一种象灰色环型线虫一样的真菌， Saprolegnia parasitica 这种真菌使鱼的皮肤产生溃疡，这可使鱼类很容易被其他细菌和寄生虫侵蚀感染，或使鱼类体液流失而死亡。对于成熟的雄鱼特别容易被感染，因为在雄鱼成熟时，其新陈代谢中的睾酮激素集中在表皮。这中激素很容易使使真菌滋生。真菌在鱼类皮肤上寄生后，使皮肤表层受到破坏，从而被细菌和寄生虫侵害。因此，鱼的健康受到影响，使养殖者受到严重的损失。
在最近，养殖者不得了使用昂贵的布罗诺波尔（ 2- 溴 -2- 硝基丙烷 -1 ， 3 二醇），已证明，布罗诺波尔对于鱼的卵有很好的功效，但对于经免疫处理过在网箱中养殖的鱼，或在淡水中繁殖的鱼的抗感染作用不是很明显。
由于这些问题和在内陆湖中进行网箱养殖所造成的环境压力问题，使得陆基池养又成为养殖者们所选择的较好形式。这是因为陆基池养形式的养殖对于鱼的健康控制更有效。
糜散型肾病（ Proliferative Kidney Disease, PKD ）在过去二十年中，在苏格兰和爱尔兰的鲑鳟鱼养殖中都没有造成严重的问题。但是随着孔雀石绿被禁止使用，问题开始逐渐严重， PKD 病给当地的养殖鲑鳟种群造成了严重的影响。 PKD 是由一种孢子虫纲的寄生虫所感染引起的，这种孢子寄生虫很象引起鳟鱼螺旋病的孢子虫，只是前者的中间宿主是后肛亚纲的动物，后者的中间宿主是线虫。这种孢子寄生虫寄生于鱼的肾上，会引起严重的炎症并破坏造血组织。感染后，在夏季水温升高使溶解氧降低，或投喂饲料量过大时，鱼会由于贫血而无活力直至死亡。
在很多年前，有人用很低浓度的孔雀石绿对这种孢子寄生虫的作用做过研究，其结果是很有效的。在用孔雀石绿对其它的病害 / 寄生虫进行防治时，其鱼体上残留水平的孔雀石绿对于 PKD 在鱼群中的扩散都有很好的作用。现在来预测孔雀石绿被禁止使用后给鲑鳟养殖业的影响还为时过早，但是，这毕竟是所有养殖者和科研者要面对和考虑的问题。
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